hoechst可以穿過活細胞膜與細胞核結合 (主要為凋亡活細胞)在紫外光下
將核染為藍色. Hoechst染細胞核會影響共聚焦顯微鏡對該樣本其他熒光的觀察效果.hoechst有hoechest33342和hoechst33258兩種 hoechsts33258，hoechst33342二者區別不大，但是hoechst33342對細胞的毒性作用更小一些，所以一般來說hoechsts33258用于細胞固定后再染色，而hoechst33342則可以對活細胞直接進行染色！
PI (Propidium Iodide碘化丙啶)染色
是一種可對DNA染色的細胞核染色試劑，常用于細胞凋亡檢測. 碘化丙啶（Propidium Iodide, PI）是一種核酸染料(紅色），它不能透過完整的細胞膜，但凋亡中晚期的細胞和壞死細胞由于細胞膜通透性的增加，PI 能夠透過細胞膜而使細胞核染紅.用PI單一染色觀測培養細胞，只能表示細胞的壞死情況，而不是凋亡（當然晚期凋亡PI亦可著色）。但是如果您只是想知道細胞的死亡情況，而不是仔細區分壞死或凋亡，那么PI單一染色也可以。但是如果您一定要認定細胞的凋亡，那么PI單一染色顯然不夠！
細胞凋亡早期,細胞膜標志發生改變.其中,磷脂酰絲氨酸
(Annexin-V,PS)外翻 ,Annexin-V 在Ca+存在的條件下與其高親和力特異性結合.這樣,Annexin-v 染色陽性,表示細胞處于早期凋亡狀態.Annexin-V結合不同的熒光抗體,就可以利用流式細胞儀、熒光顯微鏡以及共聚焦激光掃描顯微鏡檢測細胞凋亡的發生。Annexin V用FITC標記發綠色熒光；如果用PE標記就發紅色熒光。
JC-1是一種陽離子染料，可以在線粒體內聚集，低濃度時主要以單體(monomer)存在，發射光以綠光(～525nm)為主；而在高濃度時則可以形成多聚體(aggregation)，發射光以紅光(-590nm)為主。線粒體本身存在一定的極性
(polarization)，其外膜為負極，內膜為正極。電位差由Ca2+、Na+和H+流調控。當線粒體狀態良好時對JC-l攝取量少，因而在線粒體內主要以單體的形式存在綠光強度/紅光強度的比值較高。在線粒體發生去極化(depolarization)時，線粒內JC-l的濃度較高，多以多聚體的形式存在，綠光強度/紅光強度的比值降低。JC-1染色的綠光強度/紅光強度僅取決于線粒體的膜電勢(membrane potential)，而與線粒體的形態、體積和密度都無關，因而能更好地反映線粒體的功能狀態。由于凋亡發生的早期存在線粒體的去極性，因此，JC-1染色被用于檢測凋亡的早期發生。其實驗方法如下。
JC-l染色非常簡單。首先可將成品JC-1以DMSO配成儲存液(1～5mg/ml)，儲存于-20℃，用時以培養液稀釋至10ug/ml終濃度。對貼壁細胞可以直接棄去培養液，漂洗細胞后直接加入染色液，10-30min后在熒光顯微鏡下或者激光共聚焦下觀察。線粒體狀態好時細胞以綠色為主，當紅光信號增強時，紅綠相疊，以橙色為主。該染色運用于懸浮細胞時還可以通過流式細胞儀進行檢測，收集紅/綠信號強度，計算其強度比。
Calcein -AM本身并不是熒光分子，但通過活細胞內的酯酶作用，Calcein -AM能脫去AM基，產生的Calcein能發出強綠色熒光（激發：490 nm，發射：515 nm）。因此Calcein -AM僅對活細胞染色
原理：
細胞損傷或死亡時，臺盼藍可穿透變性的細胞膜，與解體的DNA 結合，使其著色。而活細胞能阻止染料進入細胞內。故可以鑒別死細胞與活細胞。
用品：
1. 4%臺盼藍母液：稱取4g臺盼藍，加少量蒸餾水研磨，加雙蒸水至100ml，用濾紙過濾，4度保存。使用時。用PBS稀釋至0.4%。 2. 吸管、血細胞計數板、顯微鏡
步驟：
1、制備單細胞懸液。并作適當稀釋（106 細胞/ml） 2、染色：細胞懸液與0.4%臺盼藍溶液以9:1混合混勻。 3、計數：在三分鐘內，用計數板分別計數活細胞和死細胞
結果統計：
鏡下觀察，死細胞被染成淡藍色，而活細胞拒染。 根據下式求細胞活力：
活細胞率（%）= 活細胞總數/（活細胞總數+死細胞總數）×100
注意事項：臺盼藍染細胞時，時間不宜過長。否則，部分活細胞也會著色，會干擾計數。
臺盼藍染色原理
通常認為細胞膜喪失完整性，細胞即可被認為已經死亡。臺盼藍(Trypan Blue)是檢測細胞膜完整性*常用的生物染色試劑。健康的正常細胞能夠排斥臺盼藍，而死亡的細胞，膜的完整性喪失，通透性增加，細胞可被臺盼藍染成藍色。依據此原理，細胞經臺盼藍染色后，可通過顯微鏡，直接鏡下計數或拍照后計數，實現對細胞存活率比較**的定量分析。
試述臺盼藍染發鑒別死活細胞的原理，試分析染色時間過長本來是活細胞也被染色的原因
死細胞的細胞膜無屏障作用，臺盼藍馬上進入細胞而顯藍色。活細胞細胞膜有選擇透性，對臺盼藍的透性小，進入細胞慢。若染色時間過長，臺盼藍可能通過胞吞或胞飲作用進入細胞。
